La manera más fácil es utilizar la herramienta npm que hará el trabajo por nosotros mientras nos va preguntando. Para utilizarla solo tenemos que ir al directorio donde queremos empezar el proyecto y teclear:
> npm init
La herramienta nos irá haciendo una serie de preguntas relacionadas con el archivo package.json que iremos respondiendo.
Entre las preguntas estará cual va a ser el archivo main (el principal o punto de entrada) de nuestra aplicación. Aquí cada uno puede poner lo que quiera aunque un nombre bastante semántico sería applicacion.js o main.js. En mi caso me gusta llamarlo application.js.
Una vez finalizado la herramienta habrá creado el archivo package.json:
A continuación podemos crear nuestro archivo applicacion.js. A partir de aquí ya podemos empezar a añadir nuestras flamante código al archivo:
application.js
console.log('Hola mundo');
Y si ejecutamos la aplicación:
> nodejs application.js;
Nos devolverá un bonito: "Hola mundo".